Если масса корабля оппонента больше твоей, то, да, время зарядки FSD увеличивается. Он пишет что-то типа "FSD ennhibited bah mass" и циферку. Чем больше цифра -- тем дольше зарядка.
Как я писал выше - масса корабля не влияет на МЛФ. На него вообще ничего не влияет, кроме желаний фронтиров.