1) самое важное и первое, делает, кстати, фелисити фарсир: увеличить дальность прыжка, что позволяет гораздо комфортнее перемешаться между системами. соответственно - дальность FSD
1.1) соответственно, для увеличения дальность надо облегчить модули, которые не нуждаются в иных изменениях. как правило, это система жизнеобеспечения и сенсоры в первую очередь, далее по обстоятельствам
2) для комфортного перемещения в обычном пространстве надо усилить обычные движки, начальный уровень делает та же фелисити, максимальный - профессор палин и его коллега, к кому быстрее - смотри по базе Inara, уже не помню
3) подогнать потребности корабля по мощности силовой. первый уровень у той же фелисити делает, добавляет с десяток процентов к мощности силовой. есть частные случаи, когда силовая бронируется или ставится спецэффект на облегчение, для тех же исследователей с требованиями минимизации массы корабля
4) в идеале улучшить распределитель (комфортнее юзать форсаж, стрелять, заряжать щиты)
5) оружие. тут на вкус и цвет. усредненно для пве (про пвп совсем другой разговор) обычно ставится комбо из лазеров и пулеметов, пулеметы как правило в усиление, лазеры в зависимости от типа, спецэффекта и доступной мощности силовой и распределителя в эффективность/дальнобойность/скорострельность, на вкус и цвет (но почти не используются bubba-ы, в русском переводе пульсирующие, те, которые по несколько импульсов за атаку выдают)
6) защита. к защите относится броня и щиты. для пве чаще всего используется комбинация из двухпоточного щита (фиолетовый) и бустеров, заточенных в сопротивления, чтобы уменьшить процент входящего урона и эффективно восстанавливать щит. при этом желательно все же не забывать и об объеме. в основном делается так: щит модифицируется для выравнивания провала по термоурону, бустеры щита меняются на рост сопротивлений и, по возможности, на объем.
есть вариант с модулем силы - призматическим щитом, он тяжелый, медленно заряжается, но большой по объему. его выгодно модифицировать с перекосом по объему больше, чем сопротивлений.
6.1) с броней примерно то же самое, но на больших кораблях обычно ставится реактивная броня и бронеплиты, также заточенные на комбинацию из сопротивлений и объема, реактивную броню ставят потому, что в отличие от остальных типов (военной и зеркальной) у нее просадка по сопротивлению только к одному типу урона, который легко компенсировать модификациями. но на старте выгоднее использовать базовую броню, усиленную модификацией на увеличение объема. причина - она весит 0 тонн, и множитель веса в модификации дает тот же 0, т.е. нет просадки по прыжку и маневренности от усиления.
про ПВП говорить пока, полагаю, смысла особого нет, есть свои нюансы, которые, во-первых, лучше обсуждать с завсегдатаями ПВП типа Сонара, а во-вторых, в ПВП существуют специфические сборки, которые не всегда пригодны для ПВЕ, и поэтому лучше иметь отдельный корабль под это дело.
остальные модули меняются по ситуации. например, щитонакопители, они же банки щита, можно модифицировать так, чтобы они меньше грели корабль при использовании.
сканеры поверхностей модифицируют в большую площадь охвата. хитсинки, они же теплоотводы - в большее количество зарядов. и т.д.